Raad van Commissarissen
Het toezicht op de Zorgpuntorganisatie berust bij de Raad van Commissarissen. De leden zijn benoemd door de aandeelhouders. Het bestuur van de organisatie is opgedragen aan de (statutaire) directie. De commissarissen zijn Pauline Meurs (Erasmus Universiteit Rotterdam), Mariëtte Doornekamp (Menzis) en Herman Hazewinkel (Reggeborgh).
Directie
Het bestuur van de organisatie is opgedragen aan de directie. De directie van Zorgpunt bestaat uit Arjan Hoop (statutair directeur), Manon van Leeuwen (operationeel directeur) en Gert-Jan ter Braak (voorzitter van de Medische Raad en huisarts).
Aandeelhouders
ZP Holding B.V. kent twee aandeelhouders, MEZ Holding en Holding eerstelijn BV.